COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-19 17:00:00 21.939284 21.939284 20.619881
2021-03-18 17:00:00 20.691229 20.691229 20.594246
2021-03-17 17:00:00 19.589836 19.589836 20.494884
2021-03-16 17:00:00 18.734614 18.734614 20.376817
2021-03-15 17:00:00 25.538642 20.707289 20.311903
2021-03-14 17:00:00 20.723348 20.723348 20.217181
2021-03-13 17:00:00 21.032499 21.032499 20.136592

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-19 17:00:00 21.764092 21.764092 17.859603
2021-03-18 17:00:00 16.733068 22.803554 17.890610
2021-03-17 17:00:00 15.004936 15.004936 17.446817
2021-03-16 17:00:00 11.440907 11.440907 17.050471
2021-03-15 17:00:00 19.375736 19.375736 16.662111
2021-03-14 17:00:00 13.243132 13.243132 16.407417
2021-03-13 17:00:00 14.821677 14.821677 16.358761

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-19 17:00:00 16.315049 16.315049 18.685606
2021-03-18 17:00:00 25.942029 25.942029 18.375534
2021-03-17 17:00:00 17.573222 17.573222 18.033987
2021-03-16 17:00:00 17.510549 17.510549 17.742503
2021-03-15 17:00:00 15.914489 15.914489 17.447839
2021-03-14 17:00:00 18.434783 18.434783 17.199425
2021-03-13 17:00:00 20.176730 20.176730 16.981774

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-19 17:00:00 15.228838 15.228838 12.183260
2021-03-18 17:00:00 13.439787 13.439787 12.206330
2021-03-17 17:00:00 7.387141 7.387141 12.111995
2021-03-16 17:00:00 11.811622 11.811622 11.858854
2021-03-15 17:00:00 12.971985 12.971985 11.434051
2021-03-14 17:00:00 14.734774 14.734774 11.238890
2021-03-13 17:00:00 11.307566 11.307566 11.050212

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-19 17:00:00 12.898850 12.898850 16.409451
2021-03-18 17:00:00 13.696014 13.696014 16.614301
2021-03-17 17:00:00 20.120800 20.120800 16.941197
2021-03-16 17:00:00 18.226736 18.226736 17.231347
2021-03-15 17:00:00 25.372303 12.759852 17.454101
2021-03-14 17:00:00 18.928737 18.928737 17.521669
2021-03-13 17:00:00 17.786920 17.786920 17.722110

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-19 17:00:00 53.071417 53.071417 44.012321
2021-03-18 17:00:00 39.553055 39.553055 43.677455
2021-03-17 17:00:00 32.916328 32.916328 42.806738
2021-03-16 17:00:00 45.179975 45.179975 42.577733
2021-03-15 17:00:00 69.031311 69.031311 42.241483
2021-03-14 17:00:00 38.135486 38.135486 41.800103
2021-03-13 17:00:00 39.207868 39.207868 41.582431

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-19 17:00:00 21.885522 21.885522 21.940884
2021-03-18 17:00:00 24.338624 24.338624 21.893795
2021-03-17 17:00:00 20.836855 20.836855 21.892774
2021-03-16 17:00:00 22.414943 22.414943 21.893917
2021-03-15 17:00:00 25.945241 22.444079 21.927916
2021-03-14 17:00:00 18.431492 18.431492 21.895734
2021-03-13 17:00:00 23.164803 23.164803 21.838986

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-19 17:00:00 10.769837 10.769837 8.399969
2021-03-18 17:00:00 9.064044 9.064044 8.312103
2021-03-17 17:00:00 7.765943 7.765943 8.212016
2021-03-16 17:00:00 7.007443 7.007443 8.114568
2021-03-15 17:00:00 15.430983 7.109959 7.942962
2021-03-14 17:00:00 8.408353 8.408353 7.834629
2021-03-13 17:00:00 8.648228 8.648228 7.700337

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-19 17:00:00 15.288221 11.546724 11.631834
2021-03-18 17:00:00 11.452810 11.452810 11.757126
2021-03-17 17:00:00 11.358811 11.358811 11.802210
2021-03-16 17:00:00 13.061691 13.061691 11.750407
2021-03-15 17:00:00 18.701700 8.926595 11.622791
2021-03-14 17:00:00 15.696822 11.915367 11.715777
2021-03-13 17:00:00 11.677444 11.677444 11.694089

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-19 17:00:00 31.672598 31.672598 33.850280
2021-03-18 17:00:00 33.030800 33.030800 34.046351
2021-03-17 17:00:00 32.990448 32.990448 34.117740
2021-03-16 17:00:00 37.497786 37.497786 34.302635
2021-03-15 17:00:00 29.972565 29.972565 34.263807
2021-03-14 17:00:00 33.177677 33.177677 34.223076
2021-03-13 17:00:00 36.891909 36.891909 34.260635

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-19 17:00:00 23.736645 23.736645 20.610545
2021-03-18 17:00:00 23.475522 23.475522 20.591022
2021-03-17 17:00:00 18.476149 23.774476 20.439603
2021-03-16 17:00:00 15.549677 15.549677 19.897607
2021-03-15 17:00:00 33.173461 11.526177 19.837629
2021-03-14 17:00:00 16.979052 16.979052 19.918655
2021-03-13 17:00:00 26.448030 26.448030 19.834811

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-19 17:00:00 8.023483 8.023483 7.997163
2021-03-18 17:00:00 14.310954 14.310954 8.211913
2021-03-17 17:00:00 7.519531 7.519531 8.358120
2021-03-16 17:00:00 3.564356 3.564356 8.336381
2021-03-15 17:00:00 10.493827 2.694136 8.393137
2021-03-14 17:00:00 6.280193 6.280193 8.436706
2021-03-13 17:00:00 13.282248 13.282248 8.456412

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-19 17:00:00 59.905660 59.905660 58.469542
2021-03-18 17:00:00 53.054662 53.054662 59.250810
2021-03-17 17:00:00 45.533141 45.533141 59.083934
2021-03-16 17:00:00 67.829457 67.829457 60.135677
2021-03-15 17:00:00 22.413793 61.290323 60.519651
2021-03-14 17:00:00 52.551020 84.183673 58.838536
2021-03-13 17:00:00 58.653846 58.653846 60.865724

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-19 17:00:00 57.954545 77.763659 66.672495
2021-03-18 17:00:00 72.112676 72.112676 66.895784
2021-03-17 17:00:00 75.197889 75.197889 66.602247
2021-03-16 17:00:00 40.860215 40.860215 65.409039
2021-03-15 17:00:00 28.260870 71.875000 66.392292
2021-03-14 17:00:00 61.486486 61.486486 65.949918
2021-03-13 17:00:00 71.556886 71.556886 65.223230

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-19 17:00:00 28.270918 28.270918 22.213915
2021-03-18 17:00:00 25.658611 22.959283 22.054179
2021-03-17 17:00:00 24.038072 24.038072 21.939137
2021-03-16 17:00:00 19.542071 19.542071 21.711095
2021-03-15 17:00:00 37.174563 17.297190 21.254927
2021-03-14 17:00:00 23.423148 15.492102 21.159179
2021-03-13 17:00:00 20.715794 20.715794 20.941874

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-19 17:00:00 28.141258 28.141258 27.629865
2021-03-18 17:00:00 40.107879 32.748989 27.660355
2021-03-17 17:00:00 24.053267 24.053267 27.394834
2021-03-16 17:00:00 18.383673 26.677551 27.072601
2021-03-15 17:00:00 24.791956 27.140317 27.460004
2021-03-14 17:00:00 58.254628 26.313993 27.893506
2021-03-13 17:00:00 29.010239 29.010239 28.130352

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-19 17:00:00 6.027890 6.027890 5.014029
2021-03-18 17:00:00 6.859410 6.859410 5.039932
2021-03-17 17:00:00 4.435873 4.435873 4.920437
2021-03-16 17:00:00 3.451289 3.451289 4.859195
2021-03-15 17:00:00 7.177498 3.569706 4.755829
2021-03-14 17:00:00 6.406080 6.406080 4.708898
2021-03-13 17:00:00 4.956689 4.956689 4.637898

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-19 17:00:00 14.633731 14.633731 13.312404
2021-03-18 17:00:00 13.402412 13.402412 13.299723
2021-03-17 17:00:00 13.344710 13.344710 13.289997
2021-03-16 17:00:00 12.552477 12.552477 13.280567
2021-03-15 17:00:00 11.451719 11.451719 13.224704
2021-03-14 17:00:00 14.359335 14.359335 13.193405
2021-03-13 17:00:00 12.940474 12.940474 13.163061

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-19 17:00:00 12.280702 12.280702 11.600765
2021-03-18 17:00:00 13.200140 11.376723 11.459710
2021-03-17 17:00:00 12.284420 12.284420 11.345718
2021-03-16 17:00:00 13.289993 10.879428 11.266395
2021-03-15 17:00:00 17.494464 11.493998 11.165452
2021-03-14 17:00:00 11.927612 11.927612 11.047850
2021-03-13 17:00:00 11.246819 11.246819 10.929108

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-19 17:00:00 19.782609 19.782609 21.909097
2021-03-18 17:00:00 20.462850 20.462850 22.352249
2021-03-17 17:00:00 33.997901 33.997901 22.647512
2021-03-16 17:00:00 17.588496 17.588496 22.577215
2021-03-15 17:00:00 43.708609 7.236842 22.966025
2021-03-14 17:00:00 30.963303 30.963303 23.305703
2021-03-13 17:00:00 24.257426 24.257426 23.695216

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-19 17:00:00 29.439252 16.355140 16.813636
2021-03-18 17:00:00 19.170984 19.170984 16.810304
2021-03-17 17:00:00 10.698690 15.952381 16.062720
2021-03-16 17:00:00 8.304498 8.304498 15.408844
2021-03-15 17:00:00 65.454545 65.454545 15.648834
2021-03-14 17:00:00 18.784530 18.784530 14.675717
2021-03-13 17:00:00 11.923077 11.923077 13.638793

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-19 17:00:00 47.603675 47.603675 33.979861
2021-03-18 17:00:00 28.028012 28.028012 33.595789
2021-03-17 17:00:00 36.328967 36.328967 33.270018
2021-03-16 17:00:00 28.162963 28.162963 32.820410
2021-03-15 17:00:00 26.791972 54.762663 33.189799
2021-03-14 17:00:00 34.313514 34.313514 33.108697
2021-03-13 17:00:00 35.537300 21.763615 32.870960

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 21.764092 21.764092 17.859603
Basilicata 16.315049 16.315049 18.685606
Calabria 15.228838 15.228838 12.183260
Campania 12.898850 12.898850 16.409451
Emilia-Romagna 53.071417 53.071417 44.012321
Friuli Venezia Giulia 21.885522 21.885522 21.940884
Lazio 10.769837 10.769837 8.399969
Liguria 15.288221 11.546724 11.631834
Lombardia 31.672598 31.672598 33.850280
Marche 23.736645 23.736645 20.610545
Molise 8.023483 8.023483 7.997163
P.A. Bolzano 59.905660 59.905660 58.469542
P.A. Trento 57.954545 77.763659 66.672495
Piemonte 28.270918 28.270918 22.213915
Puglia 28.141258 28.141258 27.629865
Sardegna 6.027890 6.027890 5.014029
Sicilia 14.633731 14.633731 13.312404
Toscana 12.280702 12.280702 11.600765
Umbria 19.782609 19.782609 21.909097
Valle d'Aosta 29.439252 16.355140 16.813636
Veneto 47.603675 47.603675 33.979861

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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